육상 기원 오염물질들은 수계로 유입되어 호소 및 하천 퇴적물에 지속적으로 축적된다. 이러한 오염 퇴적물에서 발생된 지속적인 오염물질 확산은 비점오염원으로 인위적인 관리가 어려워 수질 개선의 효과를 떨어트린다. 이러한 오염 퇴적물을 국내에서는 주로 준설에 의해서 처리하였으나, 처리를 위한 부지 확보의 어려움과 비용이 많이 소요되는 단점을 가지고 있다. 최근 선진국을 중심으로 많은 국가에서 오염퇴적물이 수계로 용출되는 것을 물리적으로 차단하는 피복(capping) 방법이 연구되고 있다. 이러한 피복 방법은 단기적으로 오염 퇴적물의 용출을 막을 수 있지만 장기적으로는 오염물질의 분해되지 않고 축적되는 문제를 야기하며 피복에 의해 호소의 수심이 낮아져 집중 호우시 더 큰 피해를 야기할 수도 있다. 본 연구에서는 이러한 피복 방법의 단점을 보완하기 위하여 피복 소재에 미생물을 고정, 단기적으로는 오염 물질의 용출을 차단하고 장기적으로는 미생물에 의한 생물학적 분해를 유도하였다. 이와 같이 미생물이 고정화된 피복소재를 이용할 경우 피복충의 두께를 크게 낮출 수 있는 박막피복(thin layer capping)이 가능해져 수심 확보에도 용이하다. 본 연구에 사용된 미생물은 호소 퇴적물의 미호기성 조건에서 생장이적합한 pseudomonas putida(KCTC 1641)와 환경 변화에 민감하지 않은 EM(Effective micro-organism)을 이용하여 비교하였다.